Az egész test immunrendszere szempontjából kitüntetett figyelmet érdemel az emberi szervezettel együttélő, betegséget általában nem okozó mikroorganizmusok együttese, az ún. normál flóra, ezen belül is a hasznos flóra hatása.
A baktériumok száma a bélcsatornában, főleg a vastagbélben jelentős. A vastagbélben (colon) 1012 - 1014, vagyis több mint százmilliárd élősejt található 1 gramm béltartalomban. A colon hatalmas csíraszámából adódóan a bélsár tömegének 50-60 %-át a mikrobák teszik ki. (A felnőtt ember szervezetében élő bélbaktériumok összesen mintegy másfél kilogrammot nyomnak!). A bélben élő mikroorganizmusok között vannak hasznosak, „kétarcúak”, és károsak. A vastagbélben élő obligát anaerob (kizárólag oxigén jelenléte nélkül életképes) fajok közé tartoznak a hasznos Bifidobacteriumok és Streptococcusok, valamint a káros Clostridiumok (köznapi néven vajsavbaktériumok).
Születés után a szopós csecsemők bélcsatornájában eleinte hasznos Bifidobacterium és Lactobacillus fajok foglalnak helyet (kolonizáció), majd vegyes táplálkozásra való áttérés során ezeket felváltják az előnytelenebb E. Coli, Streptococcus faecalis, Bacteroidies fajok, spórás baktériumok, egyéb tejsavbaktériumok és élesztőgombák. (Anyatejjel táplált csecsemőknél a hasznos flóra aránya a flórán belül 95-98 %) A vagina savas pH-ját a Lactobacillus fajok - főként a Lactobacillus acidophylus - hozzák létre.
A vastagbél mikroflórájának összetétele és az emberi egészség között igen szoros kapcsolat áll fenn. A káros anyagcsere termékeket (toxinok, karcinogenezisért felelős enzimek, metán- kén-hidrogén-, ammónia és hidrogén gázok) termelő fajok túlsúlya májkárosodáshoz, irritábilis bél szindrómához, candidiasishoz, magasabb koleszterin szinthez vezethetnek. Az előnyös flóra képviselői (pl.: Streptococcus, Lactobacillus, Bifidobacterium nemzettség egyes tagjai) ugyanakkor a szérum koleszterinszintet és az érelmeszesedés esélyét csökkentik, a nyálkahártya immunitást stabilizálják, a rövid szénláncú zsírsavak termelése révén csökkentik az elhízást, a hátrányos fekál-enzimek aktivitását és a fekál-toxinok mennyiségét – ezáltal a vastagbélrák és az irritábilis bél-szindróma kialakulási esélyét – redukálják. Az előnyös flóra visszaszorítja a patogéneket (kórokozókat), valamint az infekciók és atópiás megbetegedések (allergiák) kockázatát csökkentik. Gyulladáscsökkentő anyagokat, vitaminokat (K, B1, B2, biotin, folsav, B12) termelnek, hámosítják a bélfalat és „párbeszédet” folytatnak a bélfallal (cross-talk) a hatékony védelem érdekében. A táplálékért való verseny révén visszaszorítják a káros fajok szaporulatát. (kompetitív gátlás)
Hazánkban a felnőtt szervezetben a hasznos mikrobák aránya jellemzően 1-2 % körül mozog (és csak a legritkábban haladja meg a 12%-ot) a teljes bélflórán belül, amely jelentősen elmarad a miniálisan kívánatos 40-45%-os alsó értékhez képest. Ez magyarázatot adhat a gastro-intestinális és keringési megbetegedések, immungyengülések egy részére.
A baktériumok, vírusok és gombák, adott körülmények mellett, szaporodni képesek a szervezetben illetve bélcsatornában. A candidiasis terjedése, a parazitás, vírusos vagy bakteriális eredetű bélfertőzések megjelenése és a kórokozó mikrobák gyorsabb szaporodása gyakran a meggyengült a bélrendszeri státusra vezethető vissza, joggal feltételezhető, hogy a bélflóra előnytelen felbomlása, illetve az ebből következő bél mucosa-gát (nyálkahártya) sérülés nagyban hozzájárul a fertőzéses állapotok kialakulásához világszerte.
Az emberi szervezetbe az élelmiszerekkel, ivóvízzel, vagy egyéb módokon bejuthat olyan káros mikroba, vagy parazita, amellyel a meggyengült bélrendszeri mikroflóra nem tudja felvenni a küzdelmet. Másrészt az egyoldalú, hiányos táplálkozás, alkoholfogyasztás, dohányzás, lelki stresszek és utazási izgalmak mind a hasznos flóra visszaszorulását eredményezik. A levegőből légzőszervek felszínére jutó kórokozók sorsát szintén befolyásolja a bélrendszeri állapot. Ismert tény ugyanis, hogy a bélflóra egészsége a légcső, a hörgők és a tüdő felszíni nyálkahártya státusára is hatással vannak.
A bélflóra védelmét rostokban, fitokemikáliákban gazdagabb, prebiotikumokban is bővelkedő étrend és bélflóra regeneráció biztosítja. Különösen a zab, a tönköly, lencse, zöldborsó, zöldbab, hagyma, fokhagyma, alma, banán, barack, szilva, ribiszke, zöldség- és gyökérfélék, csicsóka, cikória előnyös a bélrendszeri státusra nézve. A nyers ételek, a csírafélék is javasolhatóak.
A bélflóra tehát létfontosságú szerepet tölt be nemcsak a gyomor-bélrendszer, hanem a teljes szervezet védelmében. Az egyre terjedő fertőzések egyik legfontosabb oka a humán bélflóra káros mikrobák irányába történő eltolódása, illetve a bélrendszeri egyensúly rendszeres és tudatos visszaállításának elmulasztása. (E célra forgalomban van többféle, bélflóra helyreállítását célzó probiotikumot tartalmazó készítmény) Természetesen az előnyös bélbaktériumok nem védenek meg bennünket minden agresszív kórokozótól, azonban általános értelemben csökkentik a fertőzés kialakulásának esélyét, és lehetővé teszik a gyorsabb bélrendszeri és egyéb regenerációt. (hatékony kiegészítői a megelőzésnek és terápiának) A szakmai vélemények is alátámasztják, hogy korunk fertőzéseinek jelentősebb része megfelelő bélrendszeri immunitás segítségével elkerülhető volna.
